O Laboratório de Controlo de Qualidade de Águas mantém, desde há largos anos, um estreito relacionamento com entidades particulares, organismos públicos e pessoas singulares, na realização de análises físico-químicas, de acordo com a legislação em vigor.

O LCQA tem capacidade de avaliar a qualidade de diferentes tipos de águas, águas para consumo humano, águas de rega, águas balneares e águas residuais. O LCQA presta apoio a vários tipos de empresas nacionais e internacionais de diferentes origens, agrícolas, indústrias agroalimentar, cooperativas de agricultores e lagares de azeite, etc. Apoia alguns municípios do distrito de Beja, no que concerne à avaliação da eficiência de tratamento dos sistemas instalados. Presta ainda consultadoria sobre vários assuntos, nomeadamente a possibilidade de descargas dos efluentes analisados, de acordo com a legislação em vigor.